El Tribunal Estatal Electoral de Oaxaca, es creado por decreto 188, aprobado por la LIV Legislatura del Estado, publicado en el Periódico Oficial del Estado el 17 de febrero de 1992.
Estuvo integrado por los Magistrados Numerarios licenciados Arturo León de la Vega, quien fue su Presidente; Enrique Jiménez Ruiz y Juan Meixueiro Gómez; los Magistrados Supernumerarios fueron: Licenciados Víctor Alonso Luna y Daniel Ortiz Figueroa; esta integración conoció de elecciones para gobernador, diputados y concejales a los Ayuntamientos por el Sistema de Partidos Políticos, durante el periodo comprendido de 1992 a 1994.
Para el proceso electoral ordinario de 1995, mediante decreto 297, de la LV Legislatura del Estado, publicado en el Periódico Oficial del Estado, fueron nombrados como integrantes del Tribunal Estatal Electoral, para el periodo de 1995 a 1997, los Magistrados Numerarios licenciados Crescencio Martínez Geminiano, quien fungió como Presidente; Eliseo Martínez Domínguez y la licenciada Alicia Álvarez Figueroa, y como Magistrados Supernumerarios, los licenciados Ricardo Javier Herrera Muzgo, Josué Luciano Amador Hernández y la licenciada Leonor Galván Cortés.
En este proceso electoral, fueron resueltos 9 recursos de inconformidad para la elección a diputados, 32 recursos de inconformidad y 2 recursos de apelación para la elección de concejales a los Ayuntamientos.
Para el periodo de 1998 a 2000, la LVI Legislatura del Estado, mediante decreto 238, publicado en el Periódico Oficial del Estado, el 10 de enero de 1998, nombró como Magistrados Numerarios a los licenciados Crescencio M. Martínez Geminiano, Eliseo Martínez Domínguez y Humberto Nicolás Vásquez y como Magistrados Supernumerarios a los licenciados Ricardo Javier Herrera Muzgo, Josué Luciano Amador Hernández y a la licenciada Gloria Sarubbi Rojas.
Durante el proceso electoral, para la elección de gobernador se conoció de 3 recursos de apelación y 7 recursos de inconformidad, para la elección de diputados 13 recursos de inconformidad, y para la elección de concejales a los Ayuntamientos se resolvieron 35 recursos de inconformidad y 1 de apelación. En el inter-proceso en el mes de enero de 1999 se resolvió un recurso de apelación.
Para el siguiente periodo de 2001 a 2003, mediante decreto 243, publicado en el Periódico Oficial del Estado, el 30 de diciembre de 2000, la LVII Legislatura del Estado de Oaxaca, designó como Magistrados Numerarios a los licenciados Francisco Martínez Sánchez, quien fue su Presidente; licenciado Juan de Jesús Vásquez Urdiales y licenciada Xóchitl Raquel Pérez Cruz, y como Magistrados Supernumerarios a la licenciada María Elena Villa Carrillo y licenciados Ricardo Javier Herrera Muzgo Rebollo y José Luciano Amador Hernández.
Durante el proceso electoral ordinario de 2001, se resolvieron 5 recursos de apelación y 66 recursos de inconformidad, así como, 7 juicios laborales interpuestos por trabajadores del Instituto Estatal Electoral.
Para el periodo de 2004 a 2006, la LVIII Legislatura del Estado, mediante decreto 339, publicado en el Periódico Oficial del Estado, el 20 de diciembre de 2003, nombró como Magistrados Numerarios a los licenciados Ricardo Porfirio Sibaja Ilescas, quien fue nombrado por el Pleno como Presidente; Ezequiel Raúl Gómez Martínez y Juan de Jesús Vásquez Urdiales, y como Magistrados Supernumerarios a la licenciada Ana Mireya Santos López, y a los licenciados José Luis Reyes Hernández y César Martín Cervantes Hernández.
Este Tribunal resolvió 5 recursos de apelación, 16 de revisión, 1 de reclamación y 105 de inconformidad.
A partir de 2007 a la fecha, este Tribunal esta integrado por los Magistrados Numerarios, licenciados Ricardo Porfirio Sibaja Ilescas, nombrado nuevamente por el Pleno como Presidente; Ezequiel Raúl Gómez Martínez y licenciada Leonor Galván Cortés, y como Supernumerios las licenciadas Alma Micaela Cruz Mendoza y Miria Aurora Rivera Soriano, y licenciado César Martín Cervantes Hernández.
La designación de estos Magistrados fue realizada por la LIX Legislatura del Estado, mediante decreto 371, publicado en el Periódico Oficial del Estado el 11 de enero de 2007.
Durante el proceso electoral de 2007, se resolvieron 2 recursos de apelación, 5 de revisión, de los cuales 4 de ellos fueron reencauzados como recursos de inconformidad, y 52 recursos de inconformidad.
Mediante decreto 317, de la LIX Legislatura del Estado, publicado en el Periódico Oficial del Estado, el 28 de septiembre de 2006, se establece que el Tribunal Estatal Electoral de Oaxaca, es un Órgano Jurisdiccional permanente.