El primer órgano jurisdiccional en materia electoral en el Estado de Colima, surgió con el entonces denominado Nuevo Código Electoral para el Estado de Colima, aprobado por el Congreso del Estado mediante Decreto número 138, de fecha 22 de enero de 1988, atribuyéndole el nombre de Tribunal de lo Contencioso Electoral, otorgándosele un carácter administrativo permanente, dotado de plena autonomía para resolver los recursos de apelación y queja. El Pleno de dicho Tribunal estaba integrado con tres magistrados numerarios y dos supernumerarios, nombrados por el Congreso del Estado a propuesta de los partidos políticos, mismos que ejercían sus funciones por el término de tres años, pudiendo ser ratificados; El Tribunal estaba presidido por un magistrado designado por el Pleno, el cual debería quedar instalado e iniciar sus funciones dentro de los 15 días posteriores a la instalación de la Comisión Electoral del Estado.
Como característica importante de la legislación electoral en ese tiempo, cabe resaltar la circunstancia de que la nulidad de votación recibida en una casilla y la nulidad de una elección únicamente podía ser declarada por el Colegio Electoral, siendo el caso que el Congreso del Estado, funcionando en pleno, se erigía en Colegio Electoral para calificar las elecciones de Gobernador, Diputados y Ayuntamientos.
Posteriormente, mediante decreto número 141, de fecha 08 de marzo de 1991, publicado en el Periódico Oficial “El Gobierno del Estado”, el 09 de marzo del mismo año, el Poder Legislativo aprobó el Nuevo Código Electoral para el Estado de Colima, abrogando el Código Electoral del 22 de enero de 1988, destacando la creación del Tribunal Electoral del Estado, como un organismo jurisdiccional y autónomo en materia electoral que tendrá a su cargo la substanciación de los recursos interpuestos durante el proceso electoral, así como la imposición de las sanciones.
Este nuevo Código Electoral, contempló los siguientes medios de impugnación: Durante la etapa preparatoria de la elección: el recurso de revisión y de apelación; y durante el proceso electoral: el recurso de revisión, de apelación y el de inconformidad, este último en sustitución del recurso de queja.
Después, con motivo de las reformas a la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, aprobadas en materia político-electoral y publicadas en el Diario Oficial de la Federación el 22 de agosto de 1996, el Congreso del Estado de Colima, mediante Decreto número 230, de fecha 05 de noviembre de 1996, publicado en el Periódico Oficial, se aprobó la reforma constitucional en materia electoral y del Código Electoral del Estado, tomando como modelo la reforma federal.
Con esta reforma, el artículo 86 Bis, fracción VI, Constitucional se instituye un Tribunal Electoral del Estado autónomo en su funcionamiento e independencia en sus decisiones, de pleno derecho y máxima Autoridad Jurisdiccional Electoral, y se incluye entre las facultades de este organismo, la de calificar la elección de gobernador del Estado, otorgándole competencia para realizar el cómputo final para la elección, una vez resueltas, en su caso, las impugnaciones que se hubieren interpuesto sobre la misma, procediendo a formular la declaración de validez de la elección y la de Gobernador Electo, respecto del candidato que hubiere obtenido el mayor número de votos.
Por lo que, a partir de la reforma electoral de 1996, esta materia entra en una etapa jurisdiccional, en la que todos los conflictos son resueltos ante autoridades jurisdiccionales, especializadas en la materia, de pleno derecho, desapareciendo del panorama electoral los Colegios Electorales, y por consiguiente la auto calificación, cuyo sistema fue sumamente cuestionado y que además no dejaba de ser un sistema político, dado que emitía sus resoluciones basándose en apreciaciones y factores de índole puramente política, y no de estricto derecho.
El Tribunal Electoral al obtener la categoría de máxima Autoridad Jurisdiccional en materia electoral local, sus resoluciones son definitivas y sólo podrán ser impugnadas mediante el Juicio de Revisión Constitucional Electoral ante la Sala Superior del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación, en los términos establecidos por el artículo 99 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos y el artículo 86, de la Ley General del Sistema de Medios de Impugnación en Materia Electoral.
El Tribunal Electoral del Estado de Colima está conformado con tres magistrados numerarios y dos supernumerarios, electos sucesivamente, en el mes de noviembre del año en que termine su periodo. La elección la hará el Congreso del Estado por mayoría calificada de sus integrantes, de una lista de 10 candidatos propuesta por el Supremo Tribunal de Justicia. Los magistrados ejercerán sus funciones por un período de 8 años y no podrán ser reelectos.
Actualmente, el Tribunal se instalará e iniciara sus funciones en la primera quincena del mes de enero del año de la elección y concluirá al término del proceso electoral de que se trate o cuando los recursos interpuestos hayan causado ejecutoria; estará presidido por el Magistrado que designe el Pleno, el cual ejercerá su cargo por el término de 4 años, pudiendo ser reelecto. El Tribunal funcionará siempre en Pleno y sus resoluciones se acordarán por mayoría de votos.