La creación del Tribunal Electoral del Estado de Nayarit, tiene su origen en la reforma realizada al artículo 135 de la Constitución Política del Estado, en el mes de diciembre de 1986, por decreto Número 7014, que da vida al Tribunal de lo Contencioso Electoral, integrado entonces, por tres Magistrados numerarios y dos Supernumerarios, nombrados a propuesta de los Partidos Políticos y el Congreso del Estado, el cual se instalaba a más tardar en la segunda semana del mes de enero del año de elecciones ordinarias y concluía su función al terminar el proceso electoral.
Con la creación del Tribunal, se dio paso a la reforma de la Ley Electoral, fundamentalmente en los aspectos concernientes al conocimiento y sustanciación de los Recursos de Revocación, Revisión, Apelación y Queja, los tres primeros podían interponerse durante la etapa preparatoria de la elección, en tanto, que el recurso de Queja procedía para impugnar los cómputos distritales y la validez de cualquier elección.
La primer designación de Magistrados del Tribunal de lo Contencioso Electoral, fue realizada por decreto Número 7080 publicado en le Periódico Oficial de fecha 28 de enero de 1987.
Desde la conformación del Tribunal de lo Contencioso Electoral, hasta la fecha, han sido promulgadas diversas Leyes Electorales, que han modificado de forma importante la vida interna del Tribunal. Una de ellas la publicada en el mes de enero de 1993, que permitió dar paso del Tribunal de lo Contencioso Electoral del Estado al Tribunal Electoral del Estado, mismo que adquirió un sistema recursal, integración y funciones de los organismos electorales.
La Ley Electoral publicada en el mes de noviembre de 1995, la cual se avocaba fundamentalmente a la organización y calificación de las elecciones, tema fuertemente cuestionado, dado el control gubernamental de las mismas. La publicación de dicha ley permitió dar vida jurídica al Consejo Estatal Electoral y, a su vez, la integración del Tribunal Electoral del Estado, que funcionaría con cinco Magistrados Numerarios y Tres Supernumerarios, designados por el Congreso del Estado a propuesta de los Grupos Parlamentarios en él representados y que funcionaría en Pleno y en Salas.
Un aspecto trascendental de dicha ley, fue sin duda, la ampliación de la competencia del Tribunal, pasando de un carácter limitativo a una existencia de plenitud de jurisdicción para resolver los asuntos que ante él se ventilaban, es decir, confiriendo atribuciones para resolver en forma definitiva e inatacable, los asuntos de su competencia y en su caso decretar las nulidades correspondientes, con el propósito de garantizar la legalidad de los resultados electorales, así como de los integrantes de los órganos representativos, sean producto de elecciones libres y auténticas.
Otra de las leyes promulgadas en el año 2004, hasta hoy vigente, fue la Ley de Justicia Electoral para el Estado de Nayarit y derivado de ésta, un año después el Tribunal Electoral emitió su Reglamento Interior.
Por último, la reforma al artículo 135 de de la Constitución Política del Estado de Nayarit, realizada el 14 de noviembre de 2007, entre otras cosas, establece que el actual Tribunal Electoral del Estado, funcionará de forma permanente y concluirá sus funciones el día 14 de diciembre de 2010.