El Tribunal Electoral del Estado de Morelos, es instituido con la reforma al artículo 23 párrafos séptimo, noveno a undécimo de la Constitución Política de la Entidad, conforme al Decreto número 793, de fecha 8 de octubre de 1993, publicado en el Periódico Oficial del Estado, número 3661, de fecha 13 de dicho año y mes, concediéndole a ese Cuerpo Colegiado, competencia y jurisdicción para conocer y resolver las diferencias laborales de los Organismos Electorales, y de manera definitiva e inatacable los medios de impugnación o recursos que implementó la Ley Electoral, contra los actos y resoluciones de los Órganos Electorales de la Entidad.
En la reforma a la Ley Electoral del Estado de Morelos, conforme al decreto 802, de fecha 21 de octubre de 1993, se instauraron como medios de impugnación, el de apelación, el de inconformidad y el de queja contra los actos y resoluciones de los Organismos Electorales de la Entidad, en los que el Tribunal Electoral, debía decretar sus acuerdos y resoluciones con apego a derecho, las cuales eran firmes e inatacables, por no admitir en su contra juicio o medio de impugnación o recurso alguno. Conforme a dicha reforma, el Tribunal Electoral, se integraba por cinco Magistrados numerarios, uno de los cuales era designado Presidente y dos supernumerarios que hacían las veces de Instructores y todos ellos eran nombrados por el voto de las dos terceras partes de los Diputados presentes del Congreso. Este órgano legislativo designó a los primeros Magistrados numerarios y supernumerarios del Tribunal Electoral, con acuerdo de fecha 19 de noviembre de 1993, publicado en el Periódico Oficial del Estado, número 3667, de fecha 24 de dicho mes y año. El Tribunal Electoral del Estado de Morelos, funcionaba en Pleno y en dos Salas con sede en la Ciudad de Cuernavaca, Morelos. Cada Sala estaba integrada por dos Magistrados numerarios y el Presidente del citado Órgano Jurisdiccional Electoral, quien lo presidía. Además, cada Sala contaba con un Magistrado supernumerario Instructor y un Secretario. El Tribunal Electoral del Estado de Morelos, se instalaba al iniciar cada proceso electoral y se declaraba en receso agotadas todas las etapas e instancias de dicho proceso electoral. En caso de elecciones extraordinarias, la Comisión Electoral de la Entidad, pedía su reinstalación, determinando el periodo de su funcionamiento, es decir que en el Estado de Morelos existía un Tribunal Estatal Electoral con el carácter de temporal para el proceso electoral de 1997.El Tribunal Electoral del Estado de Morelos, derivado de la reforma de octubre del año 1999 a la Constitución del Estado, se constituye como órgano especializado del Poder Judicial del Estado y máxima autoridad jurisdiccional en la materia; integrándose por tres Magistrados propietarios con sus respectivos suplentes; otorgándole competencia para resolver de manera definitiva y firme las impugnaciones que se presenten en las distintas etapas del proceso electoral, así como en los tiempos no electorales; siendo los recursos procedentes: Apelación, Inconformidad y Reconsideración. Así también, la Ley de Participación Ciudadana del Estado de Morelos, otorga la facultad al Tribunal Electoral para dirimir las controversias que se susciten antes, durante y posteriormente a los procesos de participación ciudadana (Referéndum, Plebiscito e Iniciativa Popular). Igualmente, las reformas al Código Estatal Electoral, publicadas el 27 de septiembre del año 2002, confieren al Tribunal Electoral, la competencia para conocer, sustanciar y resolver de manera definitiva y firme, las diferencias o conflictos laborales que surjan entre el Instituto y Tribunal Estatal Electoral con sus respectivos servidores; instaurándose mediante la reforma del 29 de septiembre del 2005, el recurso para la protección de los derechos político-electorales del ciudadano. Por otra parte, Este órgano jurisdiccional lleva a cabo actividades de difusión, estudio, capacitación, pulgación y fomento sobre la cultura democrática en materia electoral, a través del Instituto Académico de Investigaciones y Capacitación Electoral, mismo que fue creado en el año de 2005, dicho Instituto forma parte de este órgano colegiado.