Se desprendió que en los juicios en los cuales las comunidades indígenas planteen el menoscabo o detrimento de su autonomía para elegir a sus autoridades o representantes por el sistema de usos y costumbres, el juzgador debe analizar la legitimación activa de manera flexible por las particularidades que revisten esos grupos o comunidades, y las posibilidades jurídicas o fácticas que tengan sus integrantes para allegarse de los elementos necesarios para acreditarla, debiendo evitar en lo posible, exigir requisitos o medidas que son propias del sistema ordinario de acceso a la jurisdicción electoral, que puedan impedir la impartición de justicia y el ejercicio de algún derecho o su reconocimiento en favor de los mencionados grupos o comunidades.
Se determinó dejar sin efecto el acuerdo emitido por el Consejo General del Instituto Estatal Electoral así como el Decreto del Congreso del Estado Libre y Soberano de Oaxaca, por los cuales se validó la elección de concejales del municipio de San Juan Bautista Guelache, Etla, en virtud de no haberse agotado todos los mecanismos necesarios, previa participación en la elección de las autoridades municipales, para lograr la conciliación entre los ciudadanos de la cabecera municipal y los que forman parte de las Agencias y Núcleos.