En junio de 2011 habitantes de la comunidad indígena de Cherán en el municipio del mismo nombre, Estado de Michoacán, solicitaron a la autoridad administrativa electoral local se reconociera la implementación del sistema de usos y costumbres para la elección de sus autoridades. Ante dicha petición el instituto estatal respondió en el sentido de que no contaba con atribuciones para pronunciarse al respecto.
Varios integrantes de la comunidad recurrieron la falta de respuesta efectiva a su petición. La Sala Superior del Tribunal Electoral determinó ordenar a la autoridad electoral del estado y al Congreso del Estado realizar todas las acciones necesarias para que se pudiera determinar sobre la procedencia de la implementación del sistema de usos y costumbres en las elecciones municipales.
En la sentencia se establecen los siguientes criterios relevantes:
A. Autoadscripción
Es la declaración de voluntad de personas (individual) o comunidades (colectiva) que, teniendo un vínculo cultural, histórico, político, lingüístico o de otro tipo, deciden identificarse como miembros de un pueblo indígena y que se identifica como tal. Se entiende como un derecho fundamental consistente en el reconocimiento que realiza una persona en el sentido de pertenecer a un pueblo o comunidad indígena, con base en sus propias concepciones, además funge como medio para exigir los derechos de los pueblos y comunidades indígenas.
B. Particularidades que se deben observar en la administración de justicia en juicios promovidos por comunidades indígenas
En los juicios promovidos por integrantes de comunidades o pueblos indígenas, que planteen el menoscabo o detrimento de su autonomía para elegir a sus autoridades o representantes por el sistema de usos y costumbres, el juzgador debe analizar la legitimación activa de manera flexible por las particularidades que revisten esos grupos o comunidades, y las posibilidades jurídicas o fácticas que tengan sus integrantes para allegarse de los elementos necesarios para acreditarla, debiendo evitar en lo posible, exigir requisitos o medidas que son propias del sistema ordinario de acceso a la jurisdicción electoral, que puedan impedir la impartición de justicia y el ejercicio de algún derecho o su reconocimiento en favor de los mencionados grupos o comunidades. A su vez, la autoridad jurisdiccional electoral debe no sólo suplir la deficiencia de los motivos de agravio, sino también su ausencia total y precisar el acto que realmente les afecta, sin más limitaciones que las derivadas de los principios de congruencia y contradicción, inherentes a todo proceso jurisdiccional.
Constituye un deber del órgano judicial o jurisdiccional competente para conocer y resolver de la controversia en la cual formen parte los integrantes de los pueblos y comunidades indígenas (individual o colectivamente) el interpretar las disposiciones constitucionales y legales que rigen el proceso contencioso y la materia sustantiva del litigio, con especial consideración de las normas consuetudinarias indígenas del caso y de las particulares condiciones o cualidades culturales del pueblo o comunidad de que se trate, mismas que comprenden los modos de vida y costumbres, los conocimientos y el grado de desarrollo artístico, científico o industrial de un determinado conglomerado humano socialmente cohesionado, que les identifica entre sí y les permite autoadscribirse como miembros de ese grupo social.
C. Obligación de autoridades estatales de velar por derechos humanos de los pueblos indígenas
La autoridad omitió garantizar el derecho al autogobierno, pues a pesar de que los promoventes no podían poner en práctica de manera plena su derecho, la responsable simplemente se limitó a manifestar que carecía de atribuciones para resolver la petición, con lo cual es claro que omitió establecer mecanismos o propuestas de solución.
El reconocimiento y protección del derecho de autogobierno de los pueblos indígenas no puede ser soslayado so pretexto de que en las constituciones y leyes de las entidades federativas se encontraren o no contemplada, detallada o desarrollada esta exigencia, por tratarse de principios establecidos en la Constitución federal y en instrumentos internacionales suscritos y ratificados, por lo que constituyen la ley Suprema de la Unión, y, en esa medida, cuentan con un carácter imperativo, de orden público, de obediencia inexcusable y de imposible renuncia, máxime que en la aplicación de este derecho las autoridades deben acudir a los principios rectores de interpretación y aplicación que en materia de derechos humanos establece el bloque de constitucionalidad referido.
D. Derecho a la libre determinación y autonomía de las comunidades indígenas
El derecho a la libre determinación y la autonomía se entiende como la base del ejercicio de una serie de derechos específicos relacionados con los ámbitos de decisión política, económica, social y jurídica al interior de las comunidades que forman parte de los pueblos indígenas, los cuales, por lo tanto deben ser respetados por el Estado mexicano para garantizar las expresiones de identidad de dichos pueblos y sus integrantes.
En la Declaración de las Naciones Unidas sobre los Derechos de los Pueblos Indígenas se ha contemplado que para el ejercicio del derecho de libre determinación, dichos pueblos tienen el derecho colectivo e individual a mantener y desarrollar sus propias características e identidades, comprendido el derecho a identificarse a sí mismos como indígenas y a ser reconocidos como tales. De este derecho fundamental a la libre determinación se desprenden dos derechos centrales: a) el reconocimiento de los sistemas normativos de los pueblos indígenas, sus instituciones y autoridades propias, así como el correspondiente ejercicio de la jurisdicción por parte de las autoridades indígenas; y, b) El derecho fundamental de que las personas o las comunidades se autoadscriban como miembros de pueblos indígenas.
Por tanto, la existencia y defensa de las instituciones propias de los pueblos indígenas y de sus formas de autogobierno y autorganización conforman una parte integral de lo que significa ser un pueblo indígena y es en gran medida lo que distingue a los pueblos indígenas de otros sectores de la población nacional y, por ello, tanto la constitución como las disposiciones internacionales sobre derechos de los pueblos indígenas, incluyen la promoción y protección del derecho a mantener, controlar y desarrollar sus instituciones políticas, culturales, económicas y sociales.
El derecho de los pueblos y comunidades indígenas a la libre determinación constituye el principio que articula y engloba una serie de derechos específicos que constituyen manifestaciones concretas de autonomía, como son:
a) Autonomía para decidir sus formas internas de convivencia y organización social, económica, política y cultural,
b)  Autonomía para aplicar sus propios sistemas normativos en la regulación y solución de sus conflictos internos, sujetándose a los principios generales de la Constitución, respetando las garantías individuales, los derechos humanos y, especialmente, la dignidad e integridad de las mujeres,
c) Autonomía para elegir a las autoridades o representantes para el ejercicio de sus formas propias de gobierno interno, siguiendo para ello sus normas, procedimientos y prácticas tradicionales, y en el entendido de que debe garantizarse la participación de las mujeres en condiciones de equidad frente a los varones,
d) Autonomía para acceder plenamente a la jurisdicción del Estado, por lo que debe garantizarse en todos los juicios y procedimientos en los que sean parte, individual o colectivamente, que se tomen en cuenta sus costumbres y especificidades culturales, respetándose los preceptos constitucionales.
Uno de los derechos reconocidos a los pueblos y comunidades indígenas tanto en el texto constitucional como en los tratados internacionales consiste en la posibilidad de decidir sus formas internas de convivencia y organización, la aplicación de sistemas normativos propios, así como la elección mediante procedimientos y prácticas electorales de las autoridades o representantes para el ejercicio de sus formas propias de gobierno.
E. Autogobierno
El autogobierno es la dimensión política del derecho a la libre determinación de los pueblos indígenas e implica el establecimiento de un gobierno propio, cuyas autoridades son escogidas entre los propios miembros. Constituye un elemento esencial para que dichos pueblos y comunidades puedan asumir el control de sus propias instituciones y formas de vida y orientar su evolución económica y social, manteniendo y fortaleciendo su identidad étnica y todo lo que ello conlleva. Implica también el derecho de las comunidades indígenas a determinar en cualquier momento sí en las elecciones de sus autoridades, las mismas deban realizarse por el sistema legal ordinario, o bien, mediante sus usos y costumbres, pues debe considerarse que la manifestación esencial de ese derecho lo constituye precisamente la posibilidad de determinarse la forma de organización para atender sus asuntos internos y locales. Tal derecho envuelve cuatro contenidos fundamentales:
1) El reconocimiento, mantenimiento y/o defensa de la autonomía de los pueblos indígenas para elegir a sus autoridades o representantes acorde con sus usos y costumbres;
2) El ejercicio de sus formas propias de gobierno interno, siguiendo para ello sus normas, procedimientos y prácticas tradicionales, a efecto de conservar y reforzar sus instituciones políticas y sociales;
3) La participación plena en la vida política del Estado, y
4) La participación efectiva en todas las decisiones que les afecten y que son tomadas por las instituciones estatales, como pueden ser  las consultas previas con los pueblos indígenas en relación con cualquier decisión que pueda afectar a sus intereses.
Los comicios que se lleven a cabo por usos, costumbres o derecho consuetudinario, si bien no resultan exactamente aplicables los principios rectores de corte constitucional que rigen a toda elección, para que se les reconozca validez a los procedimientos o prácticas que se sigan, éstos no deben ser incompatibles con los derechos fundamentales recogidos por la Carta Magna ni con los derechos humanos contenidos en los instrumentos internacionales suscritos y ratificados, así como tampoco, tener como consecuencia impedir a los individuos que conformen los pueblos y comunidades indígenas, ejercer los derechos reconocidos a todos los ciudadanos del país y asumir las obligaciones correspondientes.