El Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación se conforma por una Sala Superior y seis Salas Regionales correspondientes a las cinco circunscripciones constitucionales y a una especializada en materia de promoción político-electoral.

Todas se conforman por áreas jurisdiccionales, magistraturas y secretarías de acuerdos para cumplir con la resolución de asuntos jurídicos.

La administración, vigilancia, disciplina y carrera judicial del TEPJF están a cargo de la Comisión de Administración, que se conforma por una Secretaría Administrativa y cinco órganos auxiliares (una Visitaduría Judicial; una Contraloría Interna; una Dirección General de Investigaciones y Responsabilidades Administrativas; una Escuela Judicial Electoral, una Defensoría Pública Electoral para Pueblos y Comunidades Indígenas; y Delegaciones Administrativas de las salas regionales).